「運行指示書」とは、運行日時、目的地到着予定時刻、経路及び経由地の日時、休憩場所及び休憩時間等、運行にあたっての計画が記された書類のことです。
一般貨物自動車運送業（トラック）は対面による乗務前点呼、乗務後点呼の両方を行うことができない場合は、乗務前、乗務後のほか、乗務の途中に少なくとも1回の点呼を行うことが義務付けられています。
運行管理者は、48時間を超える中間点呼を必要とする勤務（2泊3日以上の運行）の場合は、運行指示書（正）（副）を作成し運転者に運行指示書（正）を携行させなければなりません。
しかし、48時間を超えない貨物運行でも、時間の変更を理由に出発も到着も対面点呼が出来なくなった場合や、運行内容の変更で48時間を超える運行になってしまう場合は、ドライバーに連絡したうえで、運行指示書を運行管理者が作成しなくてはなりません。
※一般貸切旅客自動車運送事業（貸切バス）の場合は48時間以内の運行、つまり日帰りや1泊2日の運行であっても、すべての運行において必要となります。
運行指示書の記載事項は、貨物自動車運送事業安全規則（運行指示書による指示等）で決められており、第9条3項に運行指示書に記載しなければならない7つの項目が記載されています。
1. 運行の開始及び終了の地点及び日時
2. 乗務員の氏名
3. 運行の経路並びに主な経過地における発車及び到着の日時
4. 運行に際して注意を要する箇所の位置
5. 乗務員の休憩地点及び休憩時間（休憩がある場合に限る）
6. 乗務員の運転又は業務の交替の地点（運転又は業務の交替がある場合に限る）
7. その他運行の安全を確保するために必要な事項
運行指示書の記載事項は、貨物自動車運送事業安全規則（運行指示書による指示等）で決められており、第9条3項に運行指示書に記載しなければならない7つの項目が記載されています。
運行管理者は、運行計画に変更が生じた場合、変更内容を「運行指示書（副）」に記入するとともにドライバーに指示を行います。同時にドライバーは、変更内容を「運行指示書（正）」に記入するとともに「運行指示書（正）」を携行します。
ドライバーに対して指示を行った日時及び運行管理者の氏名については「運行指示書 （正）（副）」に記載しなければなりません。
運行管理者は、「運行指示書（正）（副）」を作成しドライバーに対して電話その他の方法で適切な指示を行わなければなりません。この場合、ドライバーは「運行指示書（正）」を携行していないので、乗務等の記録（運転日報等）に指示の内容を記載しなければなりません。
また、運行管理者はドライバーに指示した内容・日時及び運行管理者の氏名を「運行指示書（正）（副）」に、そしてドライバーは乗務等の記録（運転日報等）に同様の記載をしなければなりません。
連続運転時間は4時間が限度です。運転開始後4時間以内又は4時間経過直後に運転を中断して30分以上の休憩を確保しなければなりません。ただし、運転開始後4時間以内又は4時間経過直後に運転を中断する場合の休憩等については、少なくとも1回につき10分以上としたうえで分割することができます。